Parallèlement à son métier d’acteur, Jacques Perrin dirige la société de production Reggane Films et devient producteur avec Z de Costa Gavras qui obtient l’Oscar du Meilleur Film Etranger et celui du Meilleur Montage en 1969.

En 1972, il produit le premier film sur la guerre d’Algérie, film de montage d’Yves Courrière et Philippe Monnier. Il produit deux autres films de Costa Gavras, Etat de Siège (1972), avec Yves Montand, puis Section Spéciale, qui reçoit le Prix de la Mise en Scène au Festival de Cannes 1976.

En 1976, il produit Le Désert des Tartares d’après Dino Buzzati et en confie la réalisation à Valerio Zurlini, film dans lequel il joue le rôle principal aux côtés de Vittorio Gassman, Giuliano Gemma, Philippe Noiret, Max von Sydow, Jean-Louis Trintignant, Laurent Terzieff, Fernando Rey, Francisco Rabal, Helmut Griem… Le film obtient le Grand Prix du Cinéma Français et le Prix Donatello en Italie.

La même année, Jacques Perrin produit La Victoire en Chantant, premier film de Jean-Jacques Annaud, et obtient à nouveau l’Oscar du Meilleur Film Etranger.

En 1977, il est l’acteur principal du Crabe-Tambour de Pierre Schoendoerffer avec lequel il tournera également L’Honneur d’un Capitaine (1982). Jacques Perrin tourne ensuite dans le film Cinéma Paradiso (1989) de Giuseppe Tornatore, avec Philippe Noiret.

Puis, il confie à Gérard Vienne la réalisation du film qui inaugurera un cycle qui se tournera vers le monde de la Nature ; ce sera Le Peuple Singe en 1988 puis, parallèlement à la production de plusieurs œuvres de fiction, Microcosmos : Le Peuple de L’herbe de Claude Nuridsany et Marie Pérennou, qui obtient 5 César dont celui du Meilleur Producteur.

En septembre 1998, il commence la production du film Himalaya, l’Enfance d’un Chef  réalisé par Eric Valli. Après avoir connu un grand succès, le film reçoit deux César ainsi que plusieurs prix internationaux dont une Nomination aux Oscars en 2000 (Meilleur Film Etranger).

De juillet 1998 à septembre 2001, Jacques Perrin se consacre à la production du film  Le Peuple Migrateur. Sorti fin 2001, le film connaît un grand succès en France et dans plusieurs territoires majeurs : USA, Japon, Allemagne, etc… Il est nommé à l’Oscar du Meilleur documentaire.

En 2002, Jacques Perrin réunit une équipe internationale de onze réalisateurs parmi les plus prestigieux pour produire un film collectif inspiré par les événements du 11 septembre 2001, 11’09″01 ‑ September 11. Sean Penn, Alejandro Gonzalez Inarritu, Ken Loach, Amos Gitaï, Claude Lelouch et Shohei Imamura feront partie de l’aventure de ce film qui sera salué dans de nombreux festivals internationaux.

L’été 2003, Jacques Perrin produit le premier film de Christophe Barratier, Les Choristes, avec Gérard Jugnot et François Berléand, sur une musique de Bruno Coulais. Le film rencontre un grand succès avec 9 millions de spectateurs.  Le film est également très bien accueilli à l’étranger. Il est nommé aux Oscars du Meilleur Film Etranger et de la Meilleure Chanson Originale.

Jacques Perrin produit ensuite plusieurs films en association avec Pathé : Faubourg 36 de Christophe Barratier et le documentaire Tabarly de Pierre Marcel en 2008.

Il entame alors sa production la plus importante, Océans, dont il assure également la réalisation avec Jacques Cluzaud. Océans rassemble 2.9 millions de spectateurs en France et 12 millions dans le monde. Le film obtient le César 2011 du Meilleur Film Documentaire. 

L’année 2016 voit la sortie en salles de deux productions de Galatée : Les Saisons de Jacques Perrin et Jacques Cluzaud, également décliné sous la forme d’une série, et L’Outsider de Christophe Barratier avec Arthur Dupont et François-Xavier Demaison.

La dernière production de Galatée, Mia et le lion blanc, tournée sur trois ans, sort en salles en décembre 2018. Il s’agit du film français le plus vu à l’étranger en 2019.

Jacques Perrin est officier dans la réserve citoyenne de la Marine Nationale, avec le grade de Capitaine de vaisseau. Il a été promu Commandeur de l’Ordre National de la Légion d’honneur lors de la promotion du 25 mars 2016.

En 2015, il est nommé dans le corps des peintres officiels de la Marine (POM) et en 2016, il est élu membre de l’Académie des Beaux-Arts de l’Institut de France, dans la section VII, Créations artistiques dans le cinéma et l’audiovisuel.